В России развитие свободомыслия и А. связано с передовой русской мыслью 18—19 вв. У истоков его стояли М. В. Ломоносов и А. Н. Радищев, мировоззрение которых складывалось в русле деизма. Русские революционные демократы В. Г. Белинский, А. И. Герцен, Н. Г. Чернышевский, Д. И. Писарев непосредственно связывали А. с задачами антикрепостнической борьбы. Естественнонаучная традиция критики религиозного миросозерцания развивалась в работах И. М. Сеченова, И. И. Мечникова, К. А. Тимирязева.
Развивая учение Маркса и Энгельса, В. И. Ленин сформулировал понятие о социальных, экономических, исторических и гносеологических корнях религии, требуя «... материалистически объяснить источник веры и религии у масс» (Полн. собр. соч., 5 изд., т. 17, с. 418). Отмечая земное происхождение религии, как одного из видов «духовного гнета», Ленин пишет, что «кроме фантазии в религии крайне важна практическая сторона, поиски лучшего, защиты, помощи». Большую роль в распространении и развитии научного А. сыграли Г. В. Плеханов, А. Бебель, П. Лафарг, И. Дицген и другие марксисты.