В эпоху средневековья открытый атеизм не встречается и можно проследить лишь тенденции антиклерикализма и свободомыслия в ряде средневековых ересей, в учении о двойственной истине у Ибн Рушда и Ибн-Сины, в легенде о «трёх обманщиках» (Моисее, Иисусе и Мухаммеде) и т.п.