Атеизм в 19 в. связан в значительной степени с достижениями естественнонаучной мысли. Идейным обоснованием его служил, в частности, материализм Л. Бюхнера, К. Фохта, Я. Молешотта, а также эволюционная теория Ч. Дарвина. Опираясь на дарвинизм; Э. Геккель развил свою концепцию естественнонаучного «монизма» и организовал «Союз монистов» для борьбы с религиозным мировоззрением. С позиций иррационалистической философии жизни подверг критике христианство и религию Ф. Ницше (ср. его получившие известность слова: «бог умер»).

В 20 в. иррационалистическая линия критики религии получила развитие в т. н. атеистическом экзистенциализме (М. Хайдеггер, Ж. П. Сартр, А. Камю). В духе своей концепции психоанализа с отрицанием религии выступил З. Фрейд («Будущность одной иллюзии», 1927, рус. пер., 1930). С конца 19 в. возникают буржуазные атеистические союзы, которые издают журналы и альманахи, созывают конгрессы. Национальные общества свободомыслящих в различных странах объединены в настоящее время во «Всемирный союз свободомыслящих» (основан в 1880 в Брюсселе; 34-й конгресс состоялся в 1963). Примером современной просветительской критики христианства являются выступления Б. Рассела («Почему я не христианин», 1927, рус. пер. 1958).