Институт научного атеизма (ИНА) при Академии общественных наук (АОН) стал наиболее заметным результатом деятельности по заполнению вакуума, создавшегося после хрущевской антирелигиозной кампании. Институт был основан 2 января 1964 года указом Центрального комитета КПСС «О мероприятиях по усилению атеистического воспитания населения». Основной задачей Института была централизация атеистической работы путем развития методологии будущих исследований, а также координация атеистической работы на местах. Ожидалось, что Институт искоренит целый ряд недостатков в атеистическом воспитании - от ограниченного его распространения (в некоторых республиках атеистическое воспитание практически не велось) до почти повсеместной его обращенности к истории религии (в противоположность «борьбе с современной религиозной идеологией»). Наибольшей проблемой представлялось отсутствие систематического подхода в научных исследованиях, посвященных религии и атеизму. Все эти недостатки проявлялись в неудовлетворительной координации между исследовательской деятельностью и практикой, в распыленности атеистических кадров: не имея информации об опыте коллег, работающих в других регионах, люди на местах вынуждены были постоянно «изобретать велосипед».

Чтобы справиться с этими, казалось бы, чисто административными проблемами, Институт должен был разрешить несколько интеллектуальных проблем, а также найти ответы на вопросы, имеющие не столько организационный характер, сколько философско-психологический. Прежде всего, специалистам нужно было раскрыть и демистифицировать «реальную» советскую религиозность: для объяснения религиозного поведения граждан нужно было выяснить, что они чувствовали и думали. Но как следовало определять саму религиозность? Какие критерии следовало использовать для оценки поведения? Исходя из чего следовало оценивать эффективность атеистического воспитания? Эти и другие вопросы ждали своего разрешения.

Далее, атеистам предстояло выяснить, во что люди должны верить, и затем указать факторы, определяющие успех атеистического воспитания. Что должен представлять собой «идеальный» советский атеист? Каковы его ценности, в чем состоит его мировоззрение? Что заменяет ему религиозные верования? Должен ли он соблюдать праздники, следовать ритуалам, и если да, то каким? Какие ответы на вопросы экзистенциального характера следует считать правильными, в чем состоит «советский» смысл жизни и смерти? В конечном итоге сотрудники Института должны были выработать план продвижения от «реального» к «идеальному», понять, как задействовать этнографические и социологические данные полевых исследований при формировании идеологических моделей и в практике воспитания будущего советского человека.

Однако вернемся к мобилизации атеистических сил, развернувшейся в Советском Союзе в первой половине 1960-х годов. Логично, что первой целью, которую наметили для себя атеисты, было создание карты советской религиозности. Для этого Институт предложил разработать всесоюзную исследовательскую программу, координирующую теорию и практику атеистической работы. В Институте, первоначальный штат которого был сформирован из 13 научных работников, переведенных из партийных органов и исследовательских организаций, был назначен Ученый совет, подотчетный ЦК КПСС и получавший оттуда партийные директивы. Кроме того, что Институт стал новым исследовательским центром по изучению религии, при нем открыли аспирантуру, готовившую кадры для атеистической пропаганды. Выпускники этой аспирантуры часто становились координаторами исследовательских проектов, проводившихся на местах.

На местах требование обеспечить связь науки и практической деятельности, идеологии и реальности, теории и практики привело к созданию опорных пунктов, которые и стали центрами организованных ИНА социологических исследований. Первоначально ставилась задача изучения религиозной динамики; на основании полученных данных предполагалось разрабатывать меры, направленные на повышение эффективности атеистической работы, проводимой партией и комсомолом в школах, общественных и культурных организациях. В каждом опорном пункте действовал совет, получавший директивы от Института и местных партийных органов и отчитывавшийся перед ними результатами исследований. Далее Институт распространял информацию о деятельности каждого опорного пункта посредством организации регулярных всесоюзных конференций и публикации результатов исследований в своем «Информационном бюллетене» и в журнале «Вопросы научного атеизма». В течение двух лет Институт организовал по всей стране сорок опорных пунктов.