Свободомыслие и атеизм зародились почти одновременно с философией и наукой в передовых древнегре­ческих городах Малой Азии, в Ионии. Там на рубеже VII — VI вв. до н. э. появились первые научные сочинения, ставившие целью ответить на вопрос, как возник окружающий человека мир, в чем сущность происходящих в нем явлений. Авторы их назы­вались философами, но их философия (буквальный рус­ский перевод — «любомудрие», понятие, бытовавшее еще в начале XIX в.) мало походила на то, что сегодня пони­мается под этим термином. Общей чертой для ионийских философов была попытка научного осмысления мира во всей совокупности его явлений, поэтому часто их сочине­ния назывались «О природе». Философия их была умо­зрительной, спекулятивной и в малой степени основыва­лась на опытных данных. «Всеобщая связь явлений при­роды не доказывается в подробностях: она является для греков результатом непосредственного созерцания».

Самыми известными ионийскими философами были милетяне Фалес, Анаксимандр, Анаксимен и Гераклит из Эфеса. Их учения носили рационалистический характер: объясняя мир, они исходили из естественных причин и предпосылок. В основу всего существующего они пола­гали материю — правда, в конкретных ее видах. Фалес считал такой первоосновой воду, Анаксимандр —«апейрон» («беспредельное»— понятие, говорящее о высокой ступени философской абстракции), Анаксимен — воздух, а Гераклит — огонь, бывший у него скорее символом по­стоянной изменчивости мира. У Анаксимандра имелась стройная система представлений, объясняющая  происхождение мира. Из апейрона, бесконечной субстанции (ибо только так можно объяснить вечный и бесконечный характер постоянного становления мира), выделяются тепло и холод, затем жидкое и плотное и уже после это­го — все, что составляет мир. Круговое вращение ука­занных элементов приводит к тому, что тяжелое оказыва­ется в центре — это земля в форме цилиндра, поверх нее — вода и выше — воздух и огонь. Так, естественным путем, возникли стихии, из которых состоит мир. Столь же естественным путем возникли и первые животные — из морского ила, а затем человек — из зародышей, живших внутри рыбообразных существ. Когда море отступало, они оказывались на суше, лопались, и из них выползали первые люди.

Несмотря на наивность указанной теории, она содер­жит немало гениальных догадок и о форме Земли (ци­линдр — последняя ступень перед теорией шарообраз­ности Земли), и о естественной эволюции животного мира. Это было громадным шагом вперед по сравнению с рели­гиозно-мифологическим объяснением, согласно которому люди были созданы титаном Прометеем, слепившим их из глины. Не менее фантастичным был и другой миф — о Девкалионе и Пирре, которые, спасшись от потопа, ста­ли бросать позади себя камешки, и из брошенных Девкалионом камней возникали мужчины, а из брошенных Пиррой — женщины.