В 1879 Ницше оставил университет, сославшись на нездоровье, и с тех пор жил очень скромно, проводил лето в Швейцарии, а зиму в Италии. В 1879 и 1880 опубликовал два дополнения к Человеческому, слишком человеческому, в последующие два года Утреннюю зарю (Morgenzöte), где обсуждал вопросы морали, и Веселую науку (Die fröhliche Wissenschaft). Работы состоят из небольших разделов, около страницы каждый, и примечательны как совершенством стиля, так и язвительностью и своеобразием идей.

Свести воедино свои наиболее значимые выводы Ницше попытался в книге Так говорил Заратустра (Also sprach Zarathustra, 1883–1892). Стиль ее – то поэтический, то пародийный (в том числе пародийно-библейский), эпиграммы чередуются с довольно выспренними пассажами и проповедями (против общепринятой религии и морали), а в четвертой части помещена история, в которой Заратустра выступает против своих почитателей, которые ему ненавистны. Первые две части книги были опубликованы отдельно в 1883, третья в 1884. Их практически никто не заметил. Четвертую часть Ницше выпустил тиражом всего в сорок экземпляров и раздал семь из них друзьям, отказавшись от прежнего плана продолжить эту работу. Первое широкое издание четвертой части было предпринято в 1891. Вскоре вся книга была признана классикой мировой литературы, стала необыкновенно популярной в Германии и была переведена на многие языки.

В этой книге Ницше впервые выдвинул теорию сверхчеловека (Übermensch) и воли к власти, однако он понимал, что его идеи требуют пояснений и защиты от непонимания. С этой целью он опубликовал работы По ту сторону добра и зла (Jenseits von Gut und Böse, 1886) и К генеалогии морали (Zur Genealogie der Moral, 1887).

В 1888 Ницше завершил пять книг: небольшую полемическую работу Случай Вагнера (Der Fall Wagner, 1888); стостраничное резюме своей философии Сумерки кумиров (Die Götzen-Dämmerung, 1889); страстную полемическую работу Антихристианин (Der Antichrist, 1895); а также Ecce Homo (1908) – остроумную попытку самооценки с такими главами, как Почему я так мудр и Почему я пишу такие прекрасные книги. Наконец, в 1895 вышла работа Ницше против Вагнера (Nietzsche contra Wagner), представляющая собой собрание слегка отредактированных отрывков из его более ранних работ.

В январе 1889 на улице Турина с Ницше случился припадок. Невменяемым он был помещен в психиатрическую лечебницу, а затем передан на попечение семьи. Умер Ницше в Веймаре 25 августа 1900.